而此次郑芝豹来南京城，正是为了郑芝龙跑官和寻求支援来的。因为郑芝龙刚刚与荷兰和大海盗刘香的联合舰队进行了一场大海战，并在海战中获得大胜。不过接下来郑芝龙就想要彻底消灭最后一个对手——刘香，以此来完全霸占远东海域。
郑芝龙出生在南安石井一个小官吏家庭，原名一官，字飞黄。郑一官十七岁时，因家庭生计艰难，偕其弟芝虎、芝豹赴当时中外贸易中心地点之一的广东香山澳（澳门）依舅父黄程。
于是在闯荡了十几年后，郑一官开始从协助商务到从事商业活动和对外贸易的过程，并且在商业竞争和利益角逐中施展自己的智慧和才干，并学会了卢西塔语和葡萄牙文。
后寄身于当时最有势力的海商李旦门下，帮助李旦做生意，成为李旦的部下，并“以父事之”。不数年，郑一官成为巨贾，常往来当时最赚钱的航道中国、日本间。
没多久，郑一官就被旅日华侨推举为领袖。要知道，当时远东的华侨可不是现代那种寄人篱下的华侨，而是类似于解放前十里洋场租界内高人一等的洋大人。
顺理成章，华侨领袖郑一官晋谒了当时日本幕府大将军德川家康，而家康也命招待于长崎宾馆，赐赉优渥。因此，郑一官立刻被日本人视为光荣显赫人物，自是地方豪贵常从交游，称为“老一官”。
而郑一官在日本的生活更是财色双收，当时日本的松浦侯介绍了平户侯之家臣田川昱皇之女田川松缔婚。而田川氏所生的郑一官长子就是后世赫赫有名的郑成功。
而此时，荷兰人的军事和商业复合体“东印度公司”已经占领澎湖，而李旦居中斡旋，说服荷兰人退出，转移台湾。郑一官被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事（翻译）。
接着郑一官就成为了荷兰人的爪牙，为荷兰人独占整个台湾立下了汗马功劳。而到了天启五年四、五月间，也许是在荷兰人手下没有太多的发展，或因奉义父李旦之命，郑一官离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。
但几个月后，李旦就死后，他在台湾的产业和事业都归郑一官所有，这为郑一官合并当时台湾既有的其他汉人武装势力，以及从大陆招收新的势力到台，创造了条件。
而当时，颜思齐与杨天生、陈衷纪、郑一官等二十八人是拜盟为兄弟，众推颜思齐为盟主的。可是一个多月后，颜思齐豪饮暴食染了伤寒病又死了，郑一官一跃为盟主。
你也不要说，郑一官的运气也真好，死神为他扫清了道路扶持着他一步步地往上窜。由此也在后世引发了是郑一官连续下毒手的猜测。
郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。
在天启六至七年，郑芝龙自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯厦门，袭铜山（东山），陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿，纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何。
奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。
而郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。
不过，由于郑芝龙集团力量的大幅度发展，对荷兰殖民者也造成很大威胁，荷兰船只一在中国海露面，就为郑芝龙集团截获，为此，天启七年还发生一场驻台荷军与郑军的战争，结果荷军败北。
接着就是明廷对郑芝龙的几次招抚了。前几次都没有成功，直到崇祯元年七月，福建巡抚熊文灿才成功地招抚了郑芝龙。郑芝龙率部降明以后，诏授海防游击，任“五虎游击将军”，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海。此时，郑芝龙有部众三万余人，船只千余艘。
不过让人好笑的是，郑芝龙的招抚成功，最后却成为了熊文灿的一道催命符。不过这也是后话了。
接着就是郑芝龙扫清其他海盗势力的表演时间了。对于郑芝龙的降明，原先的兄弟纷纷自己拉旗自立，于是郑芝龙把他们一一击垮。到了最后，只有原先与他一起出生入死的刘香，拉了一股势力到广东，继续其海上劫掠营生。而刘香势力与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。
崇祯五年，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤近千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情况下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脱身，后来是部下拼死救出。而刘香本人则向南逃逸而去。
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